Początki działalności franciszkanów na Litwie związane są ściśle z klasztorem wileńskim. Pierwsi zakonnicy przybyli tam jeszcze przed chrztem Litwy (1387 r.) i aktywnie uczestniczyli w chrystianizacji. Pierwsi dwaj biskupi wileńscy wywodzili się od franciszkanów, którzy również obmyli krwią swoje świadectwo wiary poprzez męczeństwo, upamiętnione trzema białymi krzyżami górującymi na Starym Mieście.
Na terenie Wielkiego Księstwa Litewskiego Zakon rozrastał się, tworząc prowincję franciszkańską z siedzibą w Wilnie. W XVIII wieku klasztor został znacznie rozbudowany i wraz z zabudowaniami gospodarskimi zajmował całą dzielnicę Starego Miasta. Po przegranych powstaniach w latach 1830-1831 i 1863-1864 działalność Zakonu i klasztoru w Wilnie została najpierw ograniczona, a następnie zaprzestana. Na początku XX wieku zakonnicy powrócili do zabytkowego klasztoru wileńskiego i kościoła Wniebowzięcia NMP. Czasy komunistyczne ponownie opróżniły mury klasztorne i w 1949 r. zlikwidowały obecność franciszkanów w Wilnie. W 1998 r. bracia ponownie otworzyli kościół, a w 2017 r., po długich procesach i walkach, klasztor.
Dało to impuls do pójścia dalej i otwierania kolejnych obecności w Miednikach i Kłajpedzie.
Kościół i klasztor pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Wilnie został wybudowany w XIV wieku, a franciszkanie ponownie objęli go w 1998 roku.
Historia franciszkanów w Wilnie sięga roku 1322, kiedy to gród został założony przez księcia Giedymina. W tym samym roku, na zaproszenie miejscowego możnowładcy Gasztolda, przybyła do Wilna grupa 14 franciszkańskich misjonarzy. Ich działalność zakończyła się tragicznie w 1333 roku, kiedy to zostali umęczeni przez pogańskich Litwinów — siedmiu z nich ścięto, a pozostałych ukrzyżowano. Ciała męczenników pochowano ze czcią przez chrześcijan na miejscu, gdzie stał pierwotny klasztor. Później postawiono słup na pamiątkę i trzy krzyże na Łysej Górze.
Mimo tych dramatycznych wydarzeń, franciszkanie powrócili. Za generalstwa Gerarda Odona przybyła kolejna grupa misjonarzy, licząca 36 braci. Gasztold ufundował dla nich kościół pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, znany również jako kościół Matki Bożej na Piaskach. Niestety, w 1341 roku Wilno zostało zaatakowane przez Tatarów, którzy wymordowali franciszkanów wraz z Gasztoldem, który zdążył przywdziać franciszkański habit.
Kolejna grupa franciszkanów, licząca 46 misjonarzy, przybyła do Wilna przed chrztem Litwy w 1386 roku, kontynuując swoją działalność misyjną aż do formalnej chrystianizacji kraju. Pierwszym biskupem Wilna został franciszkanin Andrzej Wasillo z rodu Jastrzębców.
W 1403 roku, podczas najazdu schizmatyckich moskali, kolejni franciszkanie, na czele z gwardianem Aniołem, zostali zamordowani. Klasztory franciszkańskie w Wielkim Księstwie Litewskim przez wieki podlegały różnym prowincjom zakonnym, aż do 1686 roku, kiedy powstała Prowincja Litewska św. Kazimierza, obejmująca klasztory na Litwie, z kustodiami w Wilnie, Grodnie, Kownie i Połocku.
Prowincja Litewska została później zlikwidowana, a franciszkanie utracili swoją obecność w Wilnie na wiele lat. Dopiero w 1998 roku ponownie przejęli opiekę nad kościołem, a w 2017 roku odzyskali klasztor. Obecnie trwają intensywne prace renowacyjne, mające na celu przywrócenie zespołu klasztorno-kościelnego do dawnej świetności po zniszczeniach, jakich doznał w okresie komunistycznym.
Pierwszym franciszkaninem, który przybył do Miednik Królewskich w 1961 roku, był o. Kamil Wełymański (+1999), powracający z zesłania w Związku Radzieckim.
Według „Katalogu Archidiecezji Wileńskiej z 1939 roku”, starodawny kościół pw. Trójcy Przenajświętszej i św. Kazimierza Królewicza, fundowany przez Władysława Jagiełłę w 1391 roku, został przejęty przez schizmatyków w 1865 roku. W 1910 roku świątynia została zniszczona, a następnie odbudowana z drewna. W 1931 roku powstał nowy, drewniany kościół, który służył wspólnocie katolickiej, liczącej 3 485 wiernych.
Przez ponad 40 lat duszpasterzem parafii i opiekunem kościoła był franciszkanin o. Kamil Kazimierz Wełymański. Ze względu na swój podeszły wiek, poprosił o wsparcie młodszego kapłana swego Zakonu. W odpowiedzi o. Sławomir Skwarczek przybył do Miednik 13 listopada 1990 roku, kontynuując franciszkańską posługę. Pięć lat później dołączył do niego o. Andrzej Cyrański (+2022), który pełnił służbę Pańską do swojej śmierci. Posługa franciszkanów na tej ziemi trwa dzięki kolejny pokoleniom braci, którzy zakonnym posłuszeństwem zostali skierowani do pracy wśród miejscowej ludności.
Po wizycie Generała Zakonu Franciszkanów, o. Lanfranco Serriniego (+2015), w Miednikach i Wilnie 31 maja 1992 roku, pojawiła się koncepcja odtworzenia Kustodii lub Prowincji Litewskiej, zależnej bezpośrednio od Kurii Generalnej, co było zgodne z ideą Nuncjusza Apostolskiego i arcybiskupa wileńskiego. Idea ta wciąż pozostaje w sferze pragnień na dalszą przyszłość.
W dniu 7 czerwca 1994 roku wikariusz generalny Zakonu, o. Donald Kos (+2018), wyraził zgodę na utworzenie klasztoru pod wezwaniem św. Kazimierza Królewicza w Miednikach. Tego samego dnia przy klasztorze powołano Dom Nowicjatu.
Parafia, ustanowiona w XV wieku, znajduje się na terenie archidiecezji wileńskiej i jest dedykowana Trójcy Świętej oraz św. Kazimierzowi Królewiczowi. W 1989 roku jej opiekę przejęła gdańska prowincja franciszkanów św. Maksymiliana Marii Kolbego.
We wrześniu 2005 roku dwaj franciszkanie z wileńskiego klasztoru przybyli do Kłajpedy, na Litwie, aby wspomagać tamtejszą wspólnotę katolicką. Początkowo pełnili funkcje wikariuszy w parafii pw. św. Józefa Robotnika, jednocześnie angażując się w pracę katechetyczną w miejscowej szkole średniej, prowadząc duszpasterstwo polonijne oraz zajmując się opieką nad dziećmi zaniedbanymi społecznie. We wrześniu 2006 roku do Kłajpedy przybyli dwaj kolejni bracia.
19 października 2006 roku biskup telszajski Jonas Boruta erygował nową parafię pw. św. Brunona z Kwerfurtu i powierzył ją opiece franciszkanów. Z początkiem 2007 roku bracia przenieśli się do nowo utworzonej parafii, zamieszkując w wynajętym mieszkaniu w pobliżu tymczasowej kaplicy, która znajdowała się w wynajętej sali.
Tego samego roku franciszkanie rozpoczęli starania o uzyskanie od władz miejskich terenu pod budowę nowego kościoła oraz o przygotowanie planów architektonicznych świątyni. Te cele zostały zrealizowane w 2011 roku, kiedy to ostatecznie przyznano teren pod budowę.
W 2013 roku rozpoczęto prace budowlane nowego klasztoru, który ma powstać obok wybudowanej wcześniej kaplicy. Do dziś bracia nadal mieszkają w wynajętym mieszkaniu, zlokalizowanym w bloku mieszkalnym, kilkaset metrów od kaplicy.