Franciszkanie dotarli do Skandynawii już w XIII w., najpierw do Visby na Gotlandii. Początki klasztoru Braci Mniejszych Konwentualnych w Jönköpingu datują się na 1283 r., kiedy ta ważna komunikacyjnie i strategicznie osada otrzymała prawa miejskie.
Nieco ponad dwa wieki później, kiedy w 1527 za króla Gustawa Wazy przyjęto protestantyzm, wszystkie klasztory zostały skasowane. Franciszkanie musieli opuścić Jönköping w 1544 r. Budynek ich klasztoru stał się częścią potężnej przygranicznej twierdzy. Kazamaty służyły do poskramiania zbuntowanych przeciw nowym porządkom. Od XIX w. po dawnym klasztorze i twierdzy istnieją już tylko fundamenty.
Reformacja doprowadziła do całkowitego zerwania stosunków z Rzymem tak, że przez wiele lat kontakt z katolikami by surowo zakazany nawet pod karą śmierci. Ogromną zmianą stał się wydany w 1781 tzw. edykt tolerancyjny, dzięki któremu katolicy mogli wyznawać wiarę we własnych kościołach. Szwedzi nadal nie mogli uczestniczyć w kulcie katolickim.
Po drugiej wojnie światowej wraz z napływem obcokrajowców w Szwecji powiększała się liczba katolików, w związku z czym przez kilkadziesiąt lat do Jönköping dojeżdżał kapłan katolicki, który odprawiał Eucharystię w domach u rodzin, a potem w kaplicy urządzonej w wynajętym mieszkaniu. Parafia powstała formalnie w 1950 r. rok przed tym, kiedy ogłoszono w Szwecji wolność religijną. W roku 1956 do miasta przybyli pasjoniści angielscy, irlandzcy i polscy, którzy zamieszkali przy skromnym kościele wybudowanym sumptem parafian ze wsparciem pochodzącym z Niemiec.
Z biegiem czasu przywrócono stosunki dyplomatyczne między Watykanem a Szwecją, co stworzyło możliwość zakładania nowych placówek katolickich na terenie protestanckiej Szwecji. Franciszkanie zainteresowali się wznowieniem obecności. Ówczesny generał, o. Lanfranco Serrini wprost zachęcił do niej braci z nowo powstałej Prowincji Gdańskiej. W ten sposób franciszkanie ponownie trafili do Jönköpingu, gdzie ich opiece powierzona została parafia po pasjonistach, rozciągająca się na powierzchni ponad 10 tys. kilometrów kwadratowych. 25 marca 1992 r. przy kościele św. Franciszka w Jönköpingu oficjalnie erygowano klasztor Braci Mniejszych Konwentualnych.
Bracia położyli też podwaliny pod parafię w Värnamo. Z polecenia obecnego biskupa kardynała nabyto po protestantach kościół w leżącym w granicach parafii Nässjö, z zamiarem utworzenia odrębnej parafii.
W Jönköping franciszkanie służą dynamicznej katolickiej parafii, która potrzebuje duszpasterstwa w wielu językach, co odzwierciedla różnorodność wspólnot migrantów. Liturgia sprawowana jest tu również przez innych duszpasterzy w licznych obrządkach. Franciszkanie angażują się w apostolstwo w różnych formach, są obecni z przesłaniem Ewangelii w Internecie, w dążeniu do odzyskania jedności z innymi chrześcijanami.
Wkład franciszkanów, mimo niewielkiej liczby osób, jest niezwykle ważny dla katolickiej mniejszości w Szwecji, gdzie katolicy stanowią mniej niż 2% społeczeństwa. Franciszkanie nadal oferują szeroką gamę posług duchowych coraz liczniejszej społeczności katolickiej w tym regionie.
Franciszkanie rozpoczęli w 2019 roku także posługę się w Motali, gdzie z czasem wspólnota uzyska oficjalny status klasztoru, który obecnie jest filią wspólnoty w Jönköping. Bracia posługują tam głównie siostrom brygidkom i benedyktynkom z pobliskich klasztorów oraz zapewniają opiekę duszpasterską w parafii Linköping, do której terytorialnie przynależą.
Obie szwedzkie wspólnoty odzwierciedlają międzynarodowy i wielokulturowy charakter katolicyzmu we współczesnej Skandynawii.