W 1206 r. w kościółku św. Damiana Franciszek usłyszał tajemniczy głos z krzyża: “Franciszku idź, napraw dom mój, który rozpada się w gruzy”. W jego duszy dokonał się przełom, całkowite nawrócenie. Niedługo zaś po porzuceniu przez Franciszka wszelkiego rodzinnego dobytku, w latach 1209-1211 zamieszkał z kilkoma towarzyszami, którzy do niego dołączyli w Rivotorto, nieopodal Asyżu. Tam powstała pierwsza wspólnota franciszkańska, tam też napisał pierwszą regułę zakonu, nazywaną Regula non bullata, w odróżnieniu od Regula bullata z 1223. Troszczyli się o trędowatych żyjących poza Asyżem i naprawiali zrujnowane kościoły. Ich życie było niezwykle surowe, ale żyli w niezwykłej radości. Charakterystycznym dla nich był duch służby dla ubogich i wykluczonych oraz wielka ufność w opatrznościową opiekę Boga.

W 1208 r. podczas Mszy św. w Porcjunkuli Franciszek w słowach Ewangelii, mówiącej o rozesłaniu Apostołów, odkrył swoje własnego powołanie. Wtedy zmienił dotychczasowy strój pustelnika na ubogą tunikę w kształcie krzyża, jakiej używali wieśniacy, a skórzany pas zastąpił powrozem.

W 1209 r. Franciszek wraz z niewielką grupą pierwszych naśladowców udali się pieszo do Rzymu, aby prosić papieża o zatwierdzenie ich sposobu życia. Papież Innocenty III, po nocnym śnie, w którym ujrzał Franciszka podtrzymującego walącą się Bazylikę Laterańską, zatwierdził ich sposób życia. W ten sposób powstał tzw. I zakon – braci mniejszych. Po powrocie wyrzuceni z Rivotorto na stałe zamieszkali w Porcjunkuli, małym kościółku Matki Bożej Anielskiej, otrzymanej od benedyktynów w zamian za symboliczną opłatę roczną w postaci kosza ryb.

W 1211 bądź 1212 r. Klara Offreduccio w towarzystwie swojej przyjaciółki Pacyfiki de Guelfuccio będąc pod wielkim wpływem duchowym Franciszka, uciekła z domu do Porcjunkuli , by przystąpić do grupy braci. Franciszek osobiście ściął jej włosy i włożył habit zakonny. Przez jakiś czas Franciszek oddał ją pod opiekę benedyktynek. Kilka tygodni później Klara wraz z pierwszymi towarzyszkami przeniosła się do klasztoru przy kościele św. Damiana. W ten sposób powstał tzw. II zakon Ubogich Pań – Klarysek.

Tymczasem liczba braci gwałtownie wzrastała – z maleńkiego kościoła Matki Bożej Anielskiej w Asyżu) bracia rozprzestrzenili się na całą Europę już za życia św. Franciszka. W początkach działalności misyjnej Zakonu pierwsi męczennicy zostali zabici w Maroku w 1220 r. Sam Franciszek udał się do Ziemi Świętej podczas wypraw krzyżowych, gdzie odbył pełne szacunku spotkanie z sułtanem, rozmawiając z nim o sprawach duchowych.

Oprócz tych, którzy byli w stanie opuścić wszystko i pójść za Franciszkiem, lub Klarą, byli tacy, których pociągała ta forma życia, ale mieli np. zobowiązania rodzinne. Franciszek pisząc w 1221 r. regułę dla III Zakonu wyszedł naprzeciw potrzebom Kościoła. Zaproponował bowiem świeckim nową formę życia radami ewangelicznymi, co było niewątpliwie novum w dotychczasowej formule życia zakonnego. Tak powstał tzw. III zakon św. Franciszka, dziś zwany Franciszkański Zakon Świeckich.

We wrześniu 1224 r. podczas pobytu na górze La Verna Franciszek otrzymał stygmaty na dłoniach, stopach i na boku. Jest to pierwszy w historii udokumentowany fakt stygmatyzacji. Zmarł 3 października 1226 roku w Porcjunkuli. 15 lipca 1228 r. kanonizował go w Asyżu papież Grzegorz IX. Ciało Założyciela zostało złożone w specjalnie wybudowanej w tym celu bazylice, która wraz z klasztorem braci (Sacro Convento) jest „głową i matką” całego Zakonu.

Po jego śmierci dyskusje na temat kształtu Zakonu przybrały na sile. Duże kontrowersje wzbudzał sposób przepowiadania, świadectwa, a przede wszystkim ślub ubóstwa i jego rozumienie. Niektórzy bracia, szczególnie ci pochodzący spoza Włoch byli świadomi, że aby skutecznie ewangelizować potrzebne jest zaplecze w postaci domów czy księgozbiorów, oraz żywe świadectwo silnej duchowo i intelektualnie wspólnoty. Tej opinii nie podzielali inni. Oni pragnęli utrzymać prosty sposób życia, na wzór tego, który znali z pierwszych lat istnienia Zakonu. Na tym tle w Zakonie coraz bardziej rozwijały się dwa kierunki: jeden tworzyli tzw. Bracia wspólnoty (konwentualni), prowadzący działalność kaznodziejską i dydaktyczną w wielkich wspólnotach (konwentach) najczęściej w miastach i dużych ośrodkach. Oni też przez kolejne wieki tworzyli trzon Zakonu. Drugi kierunek tworzyli bracia, którzy preferowali prosty, wędrowny styl życia w małych grupach przepowiadając na placach miast (obserwanci). Na przestrzeni wieków powstawało wiele podobnych im ruchów wewnątrz zakonu, które reformowały wcześniejsze reformy nawołując do pierwotnej surowości, tworząc niezliczone wspólnoty dążące do doskonałego naśladowania Założyciela według swego rozumienia jego idei.

To napięcie załagodził generał św. Bonawentura z Bagnoreggio (1217-1274), określany drugim założycielem zakonu. Pod koniec XIII w. franciszkanie mieli klasztory w wielu krajach europejskich, a ich liczba przekroczyła 30 tys. Wówczas w zakonie pojawił się kolejny ruch reformatorski, tzw. Spirytuałowie. To oni zapoczątkowali tzw. obserwację, czyli ruch ścisłego przestrzegania reguły. Ruch ten w połowie XV w. znalazł wielkiego protektora w osobie św. Bernardyna ze Sieny (1380-1444), wikariusza generalnego zakonu.

Papież Eugeniusz IV, generalnie popierający obserwantów, oddał pod ich opiekę w 1434 r. kustodię Ziemi Świętej, w 1441 r. Alwernię, w 1445 r, klasztor Aracoeli w Rzymie – siedzibę generałów franciszkańskich. W tej sytuacji generałowie, wybierani z grona konwentualnych dla wszystkich odłamów, przenieśli swą siedzibę do klasztoru Dwunastu Apostołów, którą to funkcję pełni po dziś dzień; klasztor Aracoeli stał się odtąd rezydencją wikariuszy generalnych obserwantów aż do 1517 r. kiedy to papież Leon X zwołał w Rzymie kapitułę wszystkich franciszkanów, zarówno obserwantów, jak i tych, którzy stanowili trzon zakonu – konwentualnych, którzy sprawowali nad obserwantami formalną władzę.

Na tej kapitule obserwanci otrzymali niezależność, zostali nazwani Braćmi Mniejszymi Regularnej Obserwancji, została im powierzona pieczęć zakonu. Ta bolesna decyzja papieża, stanowiła formalny podział zakonu na dwa autonomiczne zakony: Braci Mniejszych Konwentualnych i Braci Mniejszych Obserwantów. Od tej pory każdy zakon wybierał własnego generała.

W kolejnych latach w zakonie obserwantów tworzyły się nowe odłamy: reformaci, alkantaryści, rekolektanci, bracia tzw. „małej reformy”. W 1897 r. papież Leon XIII połączył wszystkie te odłamy w jeden zakon o nazwie Zakon Braci Mniejszych.

W XVI wieku wśród kolejnych ruchów reformatorskich wyłoniła się frakcja Mateusza z Bascio, co zapoczątkowało powstanie trzeciego zakonu franciszkanów. Ten odłam miał wsparcie i formalną opiekę w zakonie konwentualnych. W 1528 r. papież Klemens VII wydał zgodę na powstanie nowego Zakonu Braci Mniejszych Kapucynów, oficjalnie został zatwierdzony w 1619r.

Tak więc dziś I zakon św. Franciszka tworzą trzy rodziny zakonne męskie: obserwanci OFM (Obs), konwentualni OFMConv i kapucyni OFMCap.

Największy rozkwit Zakonu nastąpił w wieku XVIII, kiedy to trzy gałęzie zakonne liczyły łącznie ok. 130 tys. Braci na całym świecie. Dziś jest to około 27 tys. członków.